اولین قدم در تشخیص آزمایشگاهی میکروارگانیسم‌های پاتوژن، نمونه‌برداری صحیح است. نمونه‌برداری و انتقال نامناسب، گاه منجر به نتایجی گمراه‌کننده می‌گردد. به همین علت به اصولی در نمونه‌برداری اشاره می‌نماییم:
- نمونه بایستی قبل از تجویز آنتی‌بیوتیک گرفته شده و در صورت مصرف آنتی‌بیوتیک توسط بیمار، موضع حتماً به آزمایشگاه اطلاع داده شود.
- نمونه حتی‌الامکان نباید با فلور نرمال مخلوط شود. به طور مثال نمونۀ بزاق در تشخیص پنومونی یا سراب از سطح یک زخم عمقی برای تشخیص یک عفونت بی‌هوازی و یا ترشحات بینی جهت تشخیص سینوزیت نمونه‌های مناسبی نیستند.
- در انتخاب نمونه نیز باید درنظر داشت که بیمار در چه مرحله‌ای از سیر بیماری است. به‌طور مثال در بیماران مبتلا به تب تیفوئید باکتری ابتدا در خون و بعد در مدفوع و در بیماران مبتلا به لیپتوسپیروز، باکتری ابتدا در خون و در مراحل بعد در ادرار ظاهر می‌شود.
- از آنجا که تکرار آزمایش با مشکلاتی همراه است لذا می‌بایستی مقدار کافی نمونه برای آزمایش میکروسکوپی و کشت برداشت شود.
- گرفتن برخی نمونه‌ها توسط کارکنان آزمایشگاه و یا پرستار در بخش بلامانع است، لکن نمونه‌هایی مانند مایع نخاع، ترشحات پروستات، ادرار به طریق آسپیرشن سوپراپوبیک (Suprapubic aspiration)، ترشحات سینوس و… باید حتماً توسط خود پزشک گرفته شود.
روش‌های نمونه‌برداری عبارتند از:
- انتقال مستقیم Direct passage
- نمونه‌گیری با سواب Swab
- اسپیرشن با سرنگ Needle aspiration
- بیوپسی Biopsy
۱- انتقال مستقیم: در این روش آموزش صحیح بیمار توسط کارکنان آزمایشگاه، پزشک یا پرستار انجام می‌شود و از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است. مانند نمونه‌گیری ادرار که به بیمار آموزش داده می‌شود، پس از ضد عفونی کردن بخش خارجی دستگاه ادراری-تناسلی، ادرار را در ظرف استریل جمع‌آوری نماید.
۲- نمونه‌گیری با سواب: مانند برداشت از ترشحات حلق، ترشحات زخم‌های سطحی، ترشحات واژینال، ترشحات مجزا و… این نمونه‌ها معمولاً توسط پرسنل آزمایشگاه، پزشک یا پرستار گرفته می‌شود. نمونه‌گیری باید به گونه‌ای باشد که آلودگی با فلور نرمال به حداقل برسد. بطور مثال برای برداشت از ترشح حلق، سواب نباید با مخاط دهان تماس پیدا کند و در ترشحات زخم‌های سطحی، ابتدا محل را با سرم فیزیولوژی استریل شستشو داده و بعد از ترشحات خارج شده از رخم، برداشت صورت می‌گیرد.
۳- آسپیرشن با سرنگ: مانند برداشت از چرک آبسته، زخم‌های عمقی و ترشحات سینوس. نمونه‌های اسپیرشن (Transtracheal aspiration) یا موارد دیگری که در حین جراحی گرفته می‌شود. این نمونه‌ها توسط پزشک و غالباً در اطاق عمل گرفته می‌شود. به علت احتمال وجود باکتری‌های بی‌هوازی در این نمونه‌ها، پس از برداشت باید هوای داخل سرنگ را کاملاً تخلیه کرد. در صورتی که ارسال سریع امکان‌پذیر باشد، سر سوزن‌را با چوب پنبه مسدود نموده و در غیر این صورت نمونه را در محیط انتقالی بی‌هوازی ریخته و به آزمایشگاه ارسال می‌نمایند.
۴- بیوپسی: مانند نمونه‌برداری از زخم‌های عمقی، استئومایلیت، آپاندیسیت‌های پرفره و گانگرنه و… این نمونه‌ها نیز به علت احتمال وجود باکتری‌های بی‌هوازی، باید در شرایط فقدان اکسیژن به آزمایشگاه ارسال گردند.
